Po podpise zmluvy o NFP sa konečný prijímateľ môže stretnúť s množstvom problémov:
Nedostatočné naštudovanie samotného projektu
V praxi sa často stáva, že jedna osoba projekt pripraví a iná ho realizuje. Projektový koordinátor potom niekedy nepochopí správne zmysel celého projektu a nesplní stanovené kritériá tak, ako by mal. Mnohokrát tiež dochádza k zmene koordinátorov projektu v priebehu jeho realizácie, čo môže tiež spôsobiť chybnú implementáciu projektu.
Podcenenie povinností, ktoré vyplývajú zo Zmluvy o poskytnutí príspevku
Konečný prijímateľ si podpísanú zmluvu dôkladne neprečíta, a následne neplní povinnosti, ktoré mu z nej vyplývajú. Na niektoré úkony je upozorňovaný riadiacimi orgánmi, iné však musí plniť sám zo svojej iniciatívy. Nesplnením týchto povinností dochádza k porušeniu zmluvy o poskytnutí príspevku a hrozí odobratie dotácie.
Nedodržanie záväzných ukazovateľov
Niektorí projektoví žiadatelia sa domnievajú, že pokiaľ v projekte nastavia vysoké hodnoty indikátorov, tak budú mať väčšiu šancu na schválenie ich projektu. Potom sa ale stáva, že zmluva o poskytnutí príspevku je podpísaná, ale konečný prijímateľ nedokáže záväzné ukazovatele naplniť. Kontrolné orgány vyžadujú striktné plnenie záväzných indikátorov a nedodržanie ich výšky z dôvodov zlého nastavenia príjemcom rieši odobratím či krátením dotácie. Žiadatelia si neuvedomujú, že tieto indikátory neslúžia iba ako prostriedok ku schváleniu ich projektu, ale je potrebné ich aj realizáciou projektu naplniť. V rámci agregovaného sledovania dát na úrovni Slovenskej republiky sa ukáže, či sú jednotlivé operačné programy dobre nastavené a Slovensko plní stanovené ciele. Z tohto dôvodu si každý žiadateľ musí veľmi dobre zvážiť, aké cieľové hodnoty je schopný naozaj reálne dosiahnuť.
Nedostatočná publicita projektu
Konečný príjemca síce čerpá prostriedky z Európske únie, ale zabúda túto informáciu propagovať na verejnosti, hoci sa k tejto povinnosti zmluvne zaviazal.
Rozpočet
V prípade zmien v rozpočte sa postupuje individuálne podľa objemu peňažných prostriedkov, ktoré možno presunúť v rámci jednotlivých položiek, v žiadnom prípade však nemôže dôjsť k jeho navýšeniu alebo prekročeniu limitov napr. v prípade režijných nákladov. Nevyhnutným úkonom, ktorý úzko súvisí s rozpočtom, je podrobné zváženie a zistenie, aké náklady sú oprávnené a správny odhad jednotlivých nákladových položiek a to ešte pred podaním projektu.
Väčšina vyššie uvedených problémov sa vyskytuje pri projektoch, ktoré boli chybne zadefinované už pri ich vypracovaní a v priebehu realizácie sa potom objavujú mnohé komplikácie. Niektoré zmeny je možné vykonať bez väčších problémov, ale posúdenie zmien závažného charakteru, ktoré zásadne ovplyvňujú cieľ projektu, je na riadiacom orgáne, ktorý zmenu schváli alebo zamietne. V každom prípade tieto chyby umožňujú projektovým žiadateľom získať skúsenosti, ktoré môžu využiť pri tvorbe ďalších projektov.